Este ránking se elabora teniendo en cuenta tres grupos de factores basados en la investigación, la innovación y el impacto social medido a partir de la visibilidad de la web de cada organismo. Cada grupo representa, respectivamente, el 50, el 30 y el 20% de la puntuación total.

Así, el CNIO se sitúa como el tercer mejor centro monográfico del cáncer en Europa, quedando el primero el Cancer Research UK y el segundo lugar el Instituto de Investigación del Cáncer de Reino Unido. De acuerdo con el ránking Nature Index, el Centro ocupa el sexto puesto a nivel mundial, por detrás de Dana Farber Cancer Institute o el Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, y el segundo puesto europeo en esta misma categoría.

Según los datos recogidos, en 2017 el CNIO ocupó el primer puesto de los centros españoles dedicados a la investigación biomédica. Asimismo, el año pasado los investigadores del CNIO fueron los que publicaron más trabajos en revistas con un factor de impacto superior a 15. El centro destaca en innovación, con un portfolio de patentes compuesto por 30 familias, cinco de las cuales se licenciaron en 2017, y algo más de un 10% de inventores.

El CNIO es un centro dedicado exclusivamente a la investigación del cáncer, desde los aspectos más básicos hasta la aplicación en pacientes. Además, cuenta con un programa de química médica que cubre las fases iniciales del desarrollo de fármacos dirigidos contra las dianas terapéuticas en las que trabajan sus científicos. Y en los últimos años, se han ampliado las líneas de investigación con la incorporación de varios grupos dedicados a la metástasis, al metabolismo y a la biología estructural.