En 2008 'Greenpeace Japón' reveló un escándalo dentro de la industria ballenera a través de una denuncia realizada por dos activistas de la organización, Toru Suzuki y Junichi Sato, lo que les llevó a un proceso judicial de más de dos años y les supuso una condena de tres años de libertad condicional.

La Fiscalía de Tokio abrió una investigación sobre la malversación de fondos en base a las pruebas presentadas por Greenpeace Japón en mayo de 2008. Si bien, la organización ecológica lleva años denunciando que el programa de "caza científica japonés" -financiado con fondos públicos- encubre la caza comercial de estos animales.

Después de que saliera a la luz la existencia de este fraude, la Agencia de Pesca de Japón (FAJ, en sus siglas en inglés) se ha visto obligada a disculparse por su conducta. Cinco funcionarios aceptaron como "regalos" carne de ballena con un valor total de 3.000 dólares. Otros dos funcionarios clave en esta institución, entre los que se encuentra Junio Yamashita, segundo en la jerarquía de la FAJ y prominente negociador de la Comisión Ballenera Internacional, han recibido amonestaciones.

Las disculpas de la FAJ y el posterior reconocimiento oficial de las irregularidades, implican la asunción por primera vez por parte de las autoridades japonesas de la corrupción existente dentro del programa de caza "científica" que expuso la ONG en 2008. Las autoridades japonesas han hecho público este hecho a través de un comunicado de prensa que fue enviado a algunos periodistas en Tokio.