Por su situación geográfica, entre el océano Índico y el Pacífico, el ecosistema de Komodo atrae por igual a turistas y a científicos, ya que aúna la fauna y flora asiática con la oceánica en un paisaje que mezcla praderas, sabanas y formaciones volcánicas.
Sólo entre la vegetación terrestre, que ocupa el 70% del parque, el visitante puede encontrar 254 especies vegetales distintas, entre ellas el bambú, los musgos y el “borassus flabellifer” o palma asiática, una palmera centenaria capaz de alcanzar una altura de treinta metros.
Ciervos, jabalíes, civetas, monos d e cola larga, búfalos y caballos salvajes son algunos de los más de medio centenar de mamíferos que coexisten en Komodo, junto a otras especies más exóticas como las ratas gigantes de la isla de Rinca, que suelen medir el doble de las normales, o el perro salvaje asiático que se asemeja a un coyote de pelo rojizo y se encuentra actualmente en peligro de extinción.
Otros de los animales más sorprendentes son los zorros voladores, una subespecie de murciélago que los turistas suelen confundir con pájaros nocturnos por su gran envergadura. Este animal, que cubre en manada los cielos del Parque Nacional con un aspecto imponente ya que mide casi dos metros y pesa más de un kilo, es inofensivo para el ser humano por su carácter frugívoro.
Por su parte, los dragones, que pueden alcanzar los tres metros de longitud y atacar a una velocidad de 20 kilómetros por hora, son peligrosos incluso para su propia especie, ya que tratan de comerse a las crías cuya salvación es pasar los primeros años de vida en los árboles. Estos reptiles, que descienden del Jurásico y que también son conocidos comúnmente como “monstruos”, han protagonizado varios ataques a turistas, por lo que actualmente la isla solo puede visitarse en grupos reducidos y con la compañía de un guarda armado.
En este ecosistema también puede encontrarse la serpiente con los ejemplares registrados de mayor tamaño: se trata de la pitón reticulada, que compite con la anaconda en longitud y peligro, y puede alcanzar los diez metros de largo.
La vida acuática se extiende desde los manglares, cuyas raíces ofrecen cobijo a moluscos y crustáceos autóctonos, hasta la barrera de coral, una de las más hermosas del mundo gracias a sus 260 tipos distintos de arrecife. En el fondo marino indonesio se encuentran además poblaciones de anémonas y peces payaso, gusanos de árbol de navidad, gorgonias, morenas, peces estrella y peces Napoleón, entre otros.
El Parque Nacional de Komodo forma parte de una ruta de migración de cetáceos que no sólo incluye ballenas y delfines, sino también dugongos, una de las cinco únicas especies no extintas de sirenios, actualmente protegida frente a la caza local.