Debe ser capaz de gestionar de una forma más ágil, flexible y transparente la financiación del sistema científico español, es decir, todo el dinero del gobierno central destinado a financiar proyectos de investigación. Esta entidad, dicen desde la COSCE, sería la indicada para marcar las directrices de país que tanto necesita la ciencia, así como para plantear las convocatorias y organizar el sistema.

También permitirá que el dinero privado entre, por primera vez, en el sistema público de investigación. El primer borrador de la futura AEI elaborado por el Ministerio de Ciencia e Innovación en 2011 incorpora la posibilidad de que este organismo pueda suscribir contratos o convenios con entidades privadas como vía de financiación del sistema científico.

La COSCE situaba como objetivos primordiales de la Agencia los siguientes:
1- Conseguir que su funcionamiento fuera ágil, autónomo, imparcial, estable y riguroso.
2- Establecer que sus partidas presupuestarias no fueran intervenidas de manera previa, sino que hubiera auditorías posteriores ministeriales y con supervisión del Tribunal de Cuentas (lo que se conoce como control ex-post).
3- Garantizar la independencia de la Agencia tanto del Ministerio como de la propia comunidad científica.