La Agencia Estatal de Investigación tiene como propósito mejorar la eficacia de los servicios prestados por la Administración General del Estado en materia de I+D+i, la incorporación de las mejores prácticas internacionales de evaluación, la rendición de cuentas de las ayudas otorgadas y la simplificación de los procedimientos administrativos. 

La Agencia se crea a coste cero con los recursos humanos y materiales de la Secretaría de Estado de I+D+i y su puesta en marcha será en 2016. En un plazo no superior a 60 días se constituirá el órgano de gobierno de la Agencia, el Consejo Rector, que deberá nombrar como director, único responsable ejecutivo, a un investigador o tecnólogo con experiencia en la gestión de la I+D. En este periodo, de manera provisional, la dirección de la Agencia será asumida por la directora general de Investigación Científica y Técnica.

El nuevo organismo contará con aproximadamente 300 empleados que gestionarán las ayudas de la Secretaría de Estado de I+D+i. La Agencia tiene capacidad para gestionar además las ayudas de I+D de otros ministerios mediante convenios, y podrá sumar también la gestión de fondos privados. Actuará en coordinación con el Centro para el Desarrollo Tecnológico Industrial (CDTI), el otro gran agente financiador de la I+D+i, en su caso destinado especialmente al mundo empresarial.

La Agencia Estatal de Investigación dotará de mayor estabilidad a las ayudas públicas de la I+D gracias a la planificación plurianual de sus recursos, pudiendo fijar objetivos a medio plazo y posibilitando que las convocatorias de proyectos o de RRHH cuenten con la necesaria previsibilidad en los plazos y en la financiación. Dispondrá además de un sistema de evaluación independiente basado en criterios científicos y técnicos para asegurar la promoción de la calidad y la excelencia. 

Con la creación de esta Agencia se da cumplimiento a la Ley de la Ciencia, la Tecnología y la Innovación de 2011, a la Ley de Presupuestos Generales del Estado de 2015 y al Programa Nacional de Reformas. Además, se establece un modelo equiparable con los países punteros en ciencia de la UE y se siguen las recomendaciones del Consejo de la UE y del ERAC Peer Review, que hizo una auditoría en 2014 del sistema español de Ciencia, Tecnología e Innovación a petición del Ministerio de Economía y Competitividad.