Es por este motivo, por lo que los transgénicos han suscitado una gran polémica. Tras muchos años de dudas, el debate sigue abierto. Además, la agricultura transgénica conlleva un grave peligro de contaminación de los cultivos ecológicos y tradicionales, de forma que éstos, a través del aire, del polen y de los insectos, pueden, sin quererlo, acabar siendo transgénicos. 

Aunque todavía los efectos reales no se pueden medir con precisión, sí que existen datos científicos que avanzan los posibles riesgos que estos nuevos organismos pueden suponer para el medio ambiente y la salud, como son las alergias y la resistencia a ciertos antibióticos.

Los cultivos transgénicos que están autorizados en la Unión Europea son el maíz Bt, diversos maíces destinados a la alimentación humana y animal, una determinada clase de patata, además de la soja y el algodón importados para la industria textil. 

Actualmente, la legislación europea obliga a etiquetar aquellos productos que deriven de cultivos transgénicos. Sin embargo hay muchas lagunas, ya que la ley exime a aquellos alimentos con un índice de transgénicos  inferior al 1%. Por otra parte, la ley no obliga a señalar los productos alimentarios  que proceden de animales alimentados con transgénicos, como pueden ser la carne, la leche y los huevos, entre otros. 

En definitiva, en cuanto a transgénicos se refiere, nos enfrentamos a gran desconocimiento de sus efectos y a una normativa algo incompleta.